Λειτούργησε για πρώτη φορά το 1944 ως Μονάδα Περίθαλψης σε ένα πρόχειρο μικρό νοσοκομείο σε ιδιωτικό ακίνητο (από προσφορά) και με εθελοντές ιατρούς και προσωπικό, ενώ το 1945 αναγνωρίστηκε ως προσωρινό Κρατικό Νοσοκομείο δυναμικότητας 20 κλινών.

Το 1948 με τη βοήθεια της Ελληνικής Πολεμικής Περίθαλψης Αμερικής αγοράστηκε από τους κατοίκους της Ιεράπετρας οικόπεδο, όπου ανεγέρθηκε Υγειονομικός Σταθμός.

Το 1950 το ακίνητο περιήλθε στην κυριότητα του Ελληνικού Δημοσίου και λειτούργησε ως Κέντρο Υγείας. Το 1955, με Βασιλικό Διάταγμα (ΦΕΚ 35/1955) ιδρύθηκε Μονάδα Περίθαλψης 30 κλινών με την επωνυμία «Γενικό Νοσοκομείο Ιεράπετρας , ενώ το 1957 με τη συνεισφορά των Ιεραπετριτών αποπερατώθηκε Νοσηλευτική Πτέρυγα 70 κλινών,
ενώ το 1983 το νοσοκομείο εντάχθηκε στο ΕΣΥ.

Το Νοσοκομείο Ιεράπετρας παρέχει σήμερα υπηρεσίες πρωτοβάθμιας και δευτεροβάθμιας φροντίδα υγείας) και ο μοναδικό Οφθαλμολογικό Τμήμα που πραγματοποιεί οφθαλμολογικές χειρουργικές επεμβάσεις στο νομό.

Το Κέντρο Υγείας είναι ενσωματωμένο στο Νοσοκομείο και καλύπτει επιπλέον τα Επείγοντα και την Ημερήσια Νοσηλεία με τέσσερις (4) Κλίνες 2 Παθολογικές, 2 Χειρουργικές και σε αυτό υπάγονται τα Περιφερειακά Ιατρεία Σχινοκαψάλων, Κάτω Χωριού, Πρίνας, Μάλλων, Μύρτου και Γρα-Λυγιάς